生物医学软件工程教研室成立于2003年，目前有教授、博士生导师1人，副教授、硕士生导师2人。自2012年以来，年均获批1项国家自然科学基金项目，年均发表SCI论文15篇以上。获黑龙江省自然科学一等奖1项、二等奖1项。
教研室以培养学生成才为目标，支持学生的一切科研、学习活动。经过近20年的发展，教研室逐渐形成了适合生物信息学专业的软件类特色课程，并探索出相对稳定的教育教学模式，持续为国内外顶级科研团队输送生物信息学人才。
在教研室老师的共同努力下，已指导硕士毕业生10余人，本科毕业生130余人。其中，指导的本科生以主要作者身份发表SCI论文20余篇、硕士生以第一作者身份人均发表SCI论文2篇以上。此外，指导的本科生获得国家级数学建模二等奖、省级一等奖多项。
