李霞，教授，博士研究生，原生物信息学院院长。
办公电话：0451-86615922；办公地址：生物信息学院112室
E-mail：lixia@hrbmu.edu.cn，
主要研究方向
复杂疾病生物信息学研究，癌症多维组学大数据分析
个人简介
李霞，国家二级教授、博士生导师、国务院特殊津贴获得者、中国细胞生物学会功能基因组信息学与系统生物学专业委员会会长、黑龙江省生物信息学学会会长，黑龙江省“头雁”团队带头人、“龙江学者”特聘教授、北京“百千万人才工程”入选者、五洲女子科技奖获得者、省级教学名师，省级优秀中青年专家、黑龙江省生物医学工程(生物信息学)一级学科重点学科带头人、省重大疾病组学信息学重点实验室主任、是我国生物信息学学科和专业建设的奠基者、开拓者和领军人才。
李霞教授率先创建了国际一流、国内领先且规模最大的生物信息学创新型人才培养团队。2003年创办了我国第一个生物信息学本科专业、现已成为国家一流专业，李霞教授担任国家生物信息学一流专业负责人；主编了第一部“十二五”高等教育本科国家级规划教材《生物信息学》、并连任第一、二、三版的主编；培养了大批国家急需的生物信息学本科、硕士和博士等创新型人才3000余人（李霞教授培养优秀博士、硕士130余人）、其中包括青年长江学者、国家优秀青年基金获得者、龙江学者青年学者等国家和省级人才；在哈医大从教40余年、因其卓越的贡献荣获哈医大教学成就奖；为推动我国生物信息学学科发展和交叉创新型人才培养做出了重大贡献。
李霞教授创建了国际一流、国内领先的生物信息学研发团队，主持承担了国家863计划项目4项、973计划项目2项、国自然基金12项、作为骨干参加重大研发计划项目2项，提出了疾病生物医学组学大数据挖掘系列创新方法与技术，开发了多功能生物医学大数据系列分析平台，创造性地解决了大量生物医学信息学科学技术关键问题，在生物医学大数据大健康方面做出了重大的、创造性的成就和贡献。基于上述研发成果李霞教授发表SCI论文300余篇（SCI影响因子大于10的近40篇），累计SCI影响因子千余点，H指数达到50以上，2020年和2021年连续两年被评选为ESI高被引学者，获教育部奖、省部级奖、中华医学奖等10余项。
学术兼职及荣誉
1)国务院特殊津贴获得者；
2)国家级规划教材《生物信息学》（第1、2、3版）主编；
3)国家生物信息学一流专业负责人；
4)中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学专业委员会会长；
5)“龙江学者”特聘教授
6)国家863项目、973项目获得者；
7)2021年中国高被引学者，2020年中国高被引学者；
8)五洲女子科技奖获得者；
9)北京“百千万人才工程”入选者；
10)黑龙江省生物医学工程(生物信息学)一级学科重点学科带头人；
11)黑龙江省生物信息学学会会长，
12)黑龙江省“头雁”团队带头人
13)省级教学名师
14)省级优秀中青年专家
15)省重大疾病组学信息学重点实验室主任。
16)科技部重点研发项目评审专家、国家863项目评审专家、国家自然科学基金评审专家、国家自然科学基金学科组评审专家；
主持科研项目（仅列国家级）
1. 国家高技术研究发展计划（863计划）
1) 人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设(2014AA021102)，项目负责人。
2) 面向转化医学的生物医学信息集成体系及计算平台研究(2007AA02Z329)，项目负责人。
2.国家重点基础研究发展计划（973计划）
1) 衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研究(2014CB910504)，课题负责人。
2) 复杂疾病靶基因功能识别与网络重建的系统生物信息融合方法研究 (2008CB517302)，课题负责人。
3.国家重点研发计划：灵长类增龄相关健康状态减损的生物学基础(2018YFC2000100)，主要参加人、骨干。
4.科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目：脑衰老进程中神经细胞功能及网络系统调控，主要参加人、骨干。
5.国家自然科学基金项目
1)重大研究计划（培育项目）：心血管疾病风险循环非编码RNA（miRNA/LncRNA)识别及其协同调控风险通路功能分析 (91439117)，负责人；
2)重大研究计划（培育项目）：整合多维高通量组学数据解析炎癌转化的关键基因与功能通路 (91129710)，负责人；
3)面上项目：解析增强子变异与长链非编码RNA介导的癌症竞争性内源ceRNA网络及其功能研究（32070673），负责人；
4)面上项目：重大疾病基因组与表观组改变驱动的非编码RNA(miRNA/lncRNA)调控机制及其功能研究（61873075），负责人；
5)面上项目：癌症非编码miRNA-lncRNA协同调控网络重构与功能特性研究(61473106)，负责人；
6)面上项目：复杂疾病miRNA多态风险位点识别及其生物学功能分析 (61073136)，负责人；
7)面上项目：复杂疾病关联的miRNA-mRNA功能模块识别的信息融合方法研究 (30871394)，负责人；
8)面上项目：基于生物谱的复杂疾病基因识别系统融合分析方法研究 (30571034)，负责人；
9)面上项目：人类复杂疾病基因表达谱特征基因识别技术 (30370798)，负责人；
10)面上项目：多基因复杂遗传疾病基因作图的模式识别与特征提取技术 (30170515)，负责人。
主持及参与教学项目（仅列省部级）
1)教育部第二批新工科研究与实践项目：多学科交叉融合的生物医学工程（药物组学信息学专业）人才培养模式研究与实践，2020年，教育部，参与人，在研；
2)黑龙江省新工科研究与实践项目：多学科交叉融合的生物医学工程（药物组学信息学方向）人才培养模式探索与实践，2017年，黑龙江省教育厅，已结题；
3)黑龙江省高等教育教学改革研究一般研究项目：生物信息学专业教育混合创新教学模式的研究，2017年，黑龙江省教育厅，已结题；
4)黑龙江高等教育学会“十二五”重点课题：创新型生物医学信息学人才培养模式研究，2012年，黑龙江省教育厅，已结题；
5)黑龙江省高等教育改革试点专项课题：面向转化医学的计算生物学产业开发战略型专业人才培养体系建设，2012年，黑龙江省教育厅，已结题；
6)黑龙江省创新创业人才培养项目：面向生物信息学产业开发的创新型专业人才培养模式研究与实践, 2011年,黑龙江省教育厅，已结题；
7)黑龙江省新世纪教改工程项目：实施多层次教学科研一体化，创办示范性生物信息学专业, 2008年,黑龙江省教育厅，已结题；
8)黑龙江高等教育学会重点课题：生物信息学专业课程体系建设 ,2006年,黑龙江省教育厅，已结题；
科研成果奖励
1)教育部高等学校科学优秀成果奖（科学技术）：癌症风险非编码 RNA 识别的关键技术及应用，2019年，二等奖，排名第一；
2)黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）：癌症风险非编码（lncRNA/miRNA）标志物识别及其协同调控功能研究，2019年，二等奖，排名第一；
3)黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，2015年，二等奖，排名第一；
4)黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）：癌风险生物标志物识别的生物信息融合系列方法研究，2010年，二等奖，排名第一；
5)黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）：人类复杂疾病靶基因功能模块挖掘与基因网络重建方法研究，2008年，二等奖，排名第一；
6)黑龙江省政府科技进步（自然科学）：复杂疾病基因作图的模式识别方法研究，2005年，二等奖，排名第一；
7)中华医学科技奖：恶性肿瘤风险非编码RNA的调控机制研究及大数据平台应用，2020年，三等奖，排名第一。
8)中华医学科技奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，2015年，三等奖，排名第一；
9)中华医学科技奖：癌症风险标志物与风险通路识别的信息学方法研究，2011年，三等奖，排名第一；
10)中华医学科技奖：李霞等,基于遗传谱和表达谱的复杂疾病基因挖掘信息学方法研究，2006年，三等奖，排名第一。
教学成果奖励
1)黑龙江省高等教育教学成果一等奖：适应新医科发展理念，医工结合创办生物信息专业，2020年，排名第一；
2)黑龙江省高等教育教学成果一等奖：创新型生物医学信息学人才培养模式研究，黑龙江省教育厅,2015年，排名第一；
3)黑龙江省高等教育科学研究成果一等奖：《生物信息学》，黑龙江省高等教育学会，2012年，排名第一；
4)黑龙江省重点学科带头人梯队：李霞等，2010年，黑龙江省教育厅;
5)黑龙江省高等教育教学成果二等奖：创新医学院生物信息学人才培养模式研究与实践,黑龙江省教育厅,2009年，排名第一；
6)黑龙江省高等教育学会三等奖：以产学研结合为基础的生物信息学专业学生创新能力培养的教学改革与实践，2015年，排名第一；
7)哈尔滨医科大学教学成果一等奖：适应新医科发展理念，医工结合创办生物信息专业，2020年，排名第一；
8)哈尔滨医科大学教学成果一等奖：生物信息学专业课程体系研究,哈尔滨医科大学,2011年，排名第一；
9)哈尔滨医科大学教学成果一等奖：创新生物信息学专业，培养社会急需人才,哈尔滨医科大学,2009年，排名第一；
10)哈尔滨医科大学教学成果一等奖：国内领先的示范性生物信息学专业建设,哈尔滨医科大学,2007年，排名第一。
参与编写教材
1)国家十二五规划教材：《生物信息学》（第3版），主编，人民卫生出版社，撰写中；
2)国家十二五规划教材：《生物信息学》（第2版），主编，人民卫生出版社，2015年；
3)国家十二五规划配套教材:《生物信息学学习指导与习题集》（第2版），主编，人民卫生出版社，2016年；
4)国家十一五规划教材：《生物信息学》第一版，主编，人民卫生出版社，2010年；
5)国家十一五规划配套教材：《生物信息学学习指导与习题集》，主编，人民卫生出版社，2011年；
6)国家十一五规划配套视听教材；《生物信息学》CAI配套光盘，主编，人民卫生出版社，2011年；
7)卫生部十三五规划教材：《医用高等数学》（第二版），主编，北京大学医学出版社，2013年；
8)卫生部十二五规划教材：《医用高等数学》，主编，北京大学医学出版社，2013年；
9)国家十二五规划教材：《卫生管理运筹学》，副主编，人民卫生出版社，2013年；
10)卫生部规划教材：《药学信息检索与利用》，副主编，人民卫生出版社，2016年；
11)《Non-coding RNAs in Complex Diseases: A Bioinformatics Perspective》，专著，springer出版社，主编，2018年；
12)《生物信息学理论与医学实践》(特约专著)，主编，人民卫生出版社，2013年；
13)《Functional Genomics》（the third edition） ，专著，springer出版社，2017年，参编；
14)《Systems Biology in Cancer Research and Drug Discovery》，专著，springer出版社，2012年，参编；
15)《医用高等数学》，黑龙江科学技术出版社，主编，2004年；
16)《医学遗传学与遗传流行病学数据分析》，主编，黑龙江科学技术出版社，1996年；
17)《药物·受体·酶与免疫反应动力学数据分析》，主编，黑龙江科学技术出版社，2000年；
18)《计算分子生物学与基因组信息学》，主编，黑龙江科学技术出版社，1998年；
19)《医学遗传统计分析与SAS应用》，编委，人民卫生出版社，1998年；
20)《现代生物医学信息学方法》，编委，人民卫生出版社，1998年；
21)《生物医学研究的统计方法》，编委，高等教育出版社，1998年；
22)《SAS统计分析教程》，编委，电子工业出版社，1998年；
23)《医用统计学-实践》，主编，黑龙江科学技术出版社，1998年；
24)《医用统计学习题》，主审，黑龙江科学技术出版社，1998年。
发表SCI论文（近5年SCI影响因子>10的30余篇）
1)Wang, P., Q. Guo, Y. Qi, Y. Hao, Y. Gao, H. Zhi, Y. Zhang, Y. Sun, Y. Zhang, M. Xin, Y. Zhang, S. Ning, and X. Li,LncACTdb 3.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions and personalized networks contributing to precision medicine. Nucleic Acids Res, 2021.(SCI: 19.160)
2)Lv, D., Z. Chang, Y. Cai, J. Li, L. Wang, Q. Jiang, K. Xu, N. Ding, X. Li, J. Xu, and Y. Li,TransLnc: a comprehensive resource for translatable lncRNAs extends immunopeptidome. Nucleic Acids Res, 2021.(SCI: 19.160)
3)Jiang, T., W. Zhou, Z. Chang, H. Zou, J. Bai, Q. Sun, T. Pan, J. Xu, Y. Li, and X. Li,ImmReg: the regulon atlas of immune-related pathways across cancer types. Nucleic Acids Res, 2021. 49(21): p. 12106-12118.(SCI: 19.160)
4)Li, X., X. Pan, H. Zhou, P. Wang, Y. Gao, S. Shang, S. Guo, J. Sun, Z. Xiong, S. Ning, H. Zhi, and X. Li,Comprehensive characterization genetic regulation and chromatin landscape of enhancer-associated long non-coding RNAs and their implication in human cancer.Brief Bioinform, 2021.(SCI: 13.994)
5)Li, Y., Y. Zhang, X. Li, S. Yi, and J. Xu,Gain-of-Function Mutations: An Emerging Advantage for Cancer Biology.Trends Biochem Sci, 2019.44(8): p. 659-674(SCI: 16.889)
6)Li, Y., D.J. McGrail, J. Xu, J. Li, N.N. Liu, M. Sun, R. Lin, R. Pancsa, J. Zhang, J.S. Lee, H. Wang, G.B. Mills, X. Li, S. Yi, and N. Sahni,MERIT: Systematic Analysis and Characterization of Mutational Effect on RNA Interactome Topology.Hepatology, 2019.70(2): p. 532-546.(SCI: 14.971)
7)Wang, P., Q. Guo, Y. Hao, Q. Liu, Y. Gao, H. Zhi, X. Li, S. Shang, S. Guo, Y. Zhang, S. Ning, andX. Li*,LnCeCell: a comprehensive database of predicted lncRNA-associated ceRNA networks at single-cell resolution.Nucleic Acids Res, 2021.(SCI: 11.502)
8)Gao, Y., S. Shang, S. Guo, X. Li, H. Zhou, H. Liu, Y. Sun, J. Wang, P. Wang, H. Zhi,X. Li*,S. Ning, and Y. Zhang,Lnc2Cancer 3.0: an updated resource for experimentally supported lncRNA/circRNA cancer associations and web tools based on RNA-seq and scRNA-seq data.Nucleic Acids Res, 2021.(SCI: 11.502)
9)Gao, Y., X. Li, S. Shang, S. Guo, P. Wang, D. Sun, J. Gan, J. Sun, Y. Zhang, J. Wang, X. Wang,X. Li*, Y. Zhang, and S. Ning,LincSNP 3.0: an updated database for linking functional variants to human long non-coding RNAs, circular RNAs and their regulatory elements.Nucleic Acids Res, 2021(SCI: 11.502)
10)Li, Y., T. Jiang, W. Zhou, J. Li, X. Li, Q. Wang, X. Jin, J. Yin, L. Chen, Y. Zhang, J. Xu, andX. Li*,Pan-cancer characterization of immune-related lncRNAs identifies potential oncogenic biomarkers.Nat Commun, 2020.11(1): p. 1000.(SCI: 12.121)
11)Wang, P.#, X. Li#, Y. Gao#, Q. Guo#, S. Ning#, Y. Zhang, S. Shang, J. Wang, Y. Wang, H. Zhi, Y. Fang, W. Shen, G. Zhang*, S.X. Chen*, andX. Li*,LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation.Nucleic Acids Res,2020.48(D1): p. D111-D117(SCI: 11.147)
12)Zhao, H.#, J. Shi#, Y. Zhang#, A. Xie, L. Yu, C. Zhang, J. Lei, H. Xu, Z. Leng, T. Li, W. Huang, S. Lin, L. Wang*, Y. Xiao*, andX.Li*,LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases.Nucleic Acids Res, 2020.(SCI: 11.147)
13)Wang, Z.#, J. Yin#, W. Zhou#,J. Bai#,Y. Xie, K. Xu, X. Zheng, J. Xiao, L. Zhou, X. Qi*, Y. Li*,X. Li*, and J. Xu*,Complex impact of DNA methylation on transcriptional dysregulation across 22 human cancer types.Nucleic Acids Res, 2020(SCI: 11.147)
14)Wang, P., X. Li, Y. Gao, Q. Guo, S. Ning, Y. Zhang, S. Shang, J. Wang, Y. Wang, H. Zhi, Y. Fang, W. Shen, G. Zhang, S.X. Chen, and X. Li,LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation.Nucleic Acids Res, 2019.(SCI: 11.147)
15)Zhao, H., J. Shi, Y. Zhang, A. Xie, L. Yu, C. Zhang, J. Lei, H. Xu, Z. Leng, T. Li, W. Huang, S. Lin, L. Wang, Y. Xiao, and X. Li,LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases.Nucleic Acids Res, 2019.(SCI: 11.147)
16)Wang, Z.#, J. Yin#, W. Zhou#,J. Bai#,Y. Xie, K. Xu, X. Zheng, J. Xiao, L. Zhou, X. Qi, Y. Li, X. Li, and J. Xu,Complex impact of DNA methylation on transcriptional dysregulation across 22 human cancer types.Nucleic Acids Res, 2020(SCI: 11.147)
17)Gao, Y., P. Wang, Y. Wang, X. Ma, H. Zhi, D. Zhou, X. Li, Y. Fang, W. Shen, Y. Xu, S. Shang, L. Wang, L. Wang, S. Ning, and X. Li,Lnc2Cancer v2.0: updated database of experimentally supported long non-coding RNAs in human cancers.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D1028-D1033.(SCI: 11.147)
18)Wang, P., X. Li, Y. Gao, Q. Guo, Y. Wang, Y. Fang, X. Ma, H. Zhi, D. Zhou, W. Shen, W. Liu, L. Wang, Y. Zhang, S. Ning, and X. Li,LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low- and high-throughput experiments.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D121-D127.(SCI: 11.147)
19)Yuan, H., M. Yan, G. Zhang, W. Liu, C. Deng, G. Liao, L. Xu, T. Luo, H. Yan, Z. Long, A. Shi, T. Zhao, Y. Xiao, and X. Li,CancerSEA: a cancer single-cell state atlas.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D900-D908.(SCI: 11.147)
20)Zhang, X., Y. Lan, J. Xu, F. Quan, E. Zhao, C. Deng, T. Luo, L. Xu, G. Liao, M. Yan, Y. Ping, F. Li, A. Shi, J. Bai, T. Zhao, X. Li, and Y. Xiao,CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D721-D728.(SCI: 11.147)
21)Li, Y., L. Li, Z. Wang, T. Pan, N. Sahni, X. Jin, G. Wang, J. Li, X. Zheng, Y. Zhang, J. Xu, S. Yi, and X. Li,LncMAP: Pan-cancer atlas of long noncoding RNA-mediated transcriptional network perturbations.Nucleic Acids Res, 2018.46(3): p. 1113-1123.(SCI: 11.147)
22)Lu, J., J. Xu, J. Li, T. Pan, J. Bai, L. Wang, X. Jin, X. Lin, Y. Zhang, Y. Li, N. Sahni, and X. Li,FACER: comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators.Nucleic Acids Res,2018.46(19): p. 10019-10033.(SCI: 11.147)
23)Zhi, H., X. Li, P. Wang, Y. Gao, B. Gao, D. Zhou, Y. Zhang, M. Guo, M. Yue, W. Shen, S. Ning, L. Jin, andX. Li,Lnc2Meth: a manually curated database of regulatory relationships between long non-coding RNAs and DNA methylation associated with human disease.Nucleic Acids Res, 2018.46(D1): p. D133-D138.(SCI: 11.147)
24)Zhang, H., S. Luo, X. Zhang, J. Liao, F. Quan, E. Zhao, C. Zhou, F. Yu, W. Yin, Y. Zhang, Y. Xiao, andX. Li,SEECancer: a resource for somatic events in evolution of cancer genome.Nucleic Acids Res, 2018.46(D1): p. D133-D138.(SCI: 11.147)
25)Zhang, G., J. Shi, S. Zhu, Y. Lan, L. Xu, H. Yuan, G. Liao, X. Liu, Y. Zhang, Y. Xiao, andX. Li,DiseaseEnhancer: a resource of human disease-associated enhancer catalog.Nucleic Acids Res, 2018.46(D1): p. D78-D84.(SCI: 11.147)
26)Yue, M., D. Zhou, H. Zhi, P. Wang, Y. Zhang, Y. Gao, M. Guo, X. Li, Y. Wang, Y. Zhang, S. Ning, andX. Li,MSDD: a manually curated database of experimentally supported associations among miRNAs, SNPs and human diseases.Nucleic Acids Res, 2018.46(D1): p. D181-D185.(SCI: 11.147)
27)Zhang, H., Y. Deng, Y. Zhang, Y. Ping, H. Zhao, L. Pang, X. Zhang, L. Wang, C. Xu, Y. Xiao, andX. Li,Cooperative genomic alteration network reveals molecular classification across 12 major cancer types.Nucleic Acids Res, 2017.45(2): p. 567-582.(SCI: 11.561)
28)Ning, S., M. Yue, P. Wang, Y. Liu, H. Zhi, Y. Zhang, J. Zhang, Y. Gao, M. Guo, D. Zhou, X. Li, and X. Li,LincSNP 2.0: an updated database for linking disease-associated SNPs to human long non-coding RNAs and their TFBSs.Nucleic Acids Res, 2017.45(D1): p. D74-D78.(SCI:11.561)
29)Xu, J., Feng, L., Han, Z., Li,Y., Wu, A., Shao, T., Ding, N., Li, L., Deng, W., Di, X., Wang, J., Zhang, L., Xia, L., Zhang, K., and Cheng, Sh..Extensive ceRNA–ceRNA interaction networks mediated by miRNAs regulate development in multiple rhesus tissues.Nucleic Acids Research, 2016,44(19): p. 9438–9451.(SCI:10.162)
30)Ning, S., J. Zhang, P. Wang, H. Zhi, J. Wang, Y. Liu, Y. Gao, M. Guo, M. Yue, L. Wang, and X. Li,Lnc2Cancer: a manually curated database of experimentally supported lncRNAs associated with various human cancers.Nucleic Acids Res, 2016.44(D1): p. D980-D985.(SCI:10.162)
31)Li, Y., J. Xiao, J. Bai, Y. Tian, Y. Qu, X. Chen, Q. Wang, X. Li, Y. Zhang, and J. Xu,Molecular characterization and clinical relevance of m(6)A regulators across 33 cancer types.Mol Cancer,2019.18(1): p. 137.(SCI: 10.679)
32)Zhang, H., J. Liao, X. Zhang, E. Zhao, X. Liang, S. Luo, J. Shi, F. Yu, J. Xu, W. Shen, Y. Li, Y. Xiao, and X. Li,Sex difference of mutation clonality in diffuse glioma evolution.Neuro Oncol, 2019.21(2): p. 201-213.(SCI: 10.091)
