教研室共主持和承担科研项目80余项，其中包括国家863计划项目2项、973计划项目2项、国家重点研发计划1项、科技创新2030重大项目1项、国家自然科学基金项目28项、省部级课题30余项，共发表SCI收录论文600余篇。教研室研究成果《CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse》发表在《Nucleic Acids Research》，他引276余次，累积引用371余次，被《Nature》《Cell》等杂志论文高度评价。所开发的生物医学大数据平台已累计被110多个国家超过30万次的访问，并与国家生物信息中心开展联盟合作推动国家基因组科学数据中心的建设。研究成果获“中国生物信息学十大进展”。研究成果《psSubpathway: a software package for flexible》研究成果发表在《Bioinformatics》，被评为ESI高被引论文。开发的LncPath（https://CRAN.R-project.org/package=LncPath）软件已累计被下载20,000次。研究成果获教育部高等学校科学优秀成果奖（科学技术）二等奖、中华医学会三等奖、省政府科学技术二等奖、省高校自然科学技术成果二等奖等奖项。
主持的国家级项目
项目类型 |
项目标题 |
项目编号 |
执行时间 |
863计划 |
人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设 |
2014AA021102 |
2014-2016 |
863计划 |
面向转化医学的生物医学信息集成体系及计算平台研究 |
2007AA02Z329 |
2007-2009 |
973计划 |
衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研究 |
2014CB910504 |
2014-2018 |
973计划 |
复杂疾病靶基因功能识别与网络重建的系统生物信息融合方法研究 |
2008CB517302 |
2008-2010 |
国家重点研发计划 |
灵长类增龄相关健康状态减损的生物学基础 |
2018YFC2000100 |
2018-2023 |
科技创新2030重大项目 |
脑衰老进程中神经细胞功能及网络系统调控 |
2021ZD0202403 |
2021-2026 |
国自然重大研究计划培育项目 |
心血管疾病风险循环非编码RNA（miRNA/LncRNA)识别及其协同调控风险通路功能分析 |
91439117 |
2015-2017 |
国自然联合基金国自然重点支持项目（区域创新发展联合基金） |
融合寒地高发恶性肿瘤组学数据识别癌症演化早期重要驱动因子 |
U21A20196 |
2022.01-2025.12 |
国自然面上项目 |
基于功能性解析系统发生树识别驱动癌症演化的关键基因及其功能研究 |
32170675 |
2022.01-2025.12 |
国自然面上项目 |
增强子参与遗传及表观遗传调控模式研究 |
|
2022.01-2024.12 |
国自然面上项目 |
基于生物学通路网络的癌症标志物识别方法研究 |
62072145 |
2021.01- 2024.12 |
国自然面上项目 |
解析增强子变异与长链非编码RNA介导的癌症竞争性内源ceRNA网络及其功能研究 |
32070673 |
2021.01-2024.12 |
国自然面上项目 |
重大疾病基因组与表观组改变驱动的非编码RNA(miRNA/ lncRNA)调控机制及其功能研究 |
61873075 |
2019.01-2022.12 |
国自然面上项目 |
基于癌症克隆进化解析癌基因的功能异质性 |
31871336 |
2019.01-2022.12 |
国自然面上项目 |
解析人类癌症风险非编码RNA（miRNA/lncRNA）协同调控网络及其功能分析 |
61573122 |
2016.01-2019.12 |
国自然面上项目 |
癌症非编码miRNA-lncRNA协同调控网络重构与功能特性研究 |
61473106 |
2015.01-2018.12 |
国自然面上项目 |
复杂疾病miRNA多态风险位点识别及其生物学功能分析 |
61073136 |
2011.01-2013.12 |
国自然面上项目 |
复杂疾病关联的miRNA-mRNA功能模块识别的信息融合方法研究 |
30871394 |
2009.01-2011.12 |
国自然面上项目 |
基于生物谱的复杂疾病基因识别系统融合分析方法研究 |
30571034 |
2006.01-2008.12 |
国自然面上项目 |
人类复杂疾病基因表达谱特征基因识别技术 |
30370798 |
2004.01-2006.12 |
国自然面上项目 |
多基因复杂遗传疾病基因作图的模式识别与特征提取技术 |
30170515 |
2002.01-2004.12 |
国自然青年项目 |
基于单细胞测序数据识别乏氧微环境介导肿瘤转移的关键调控子 |
32200539 |
2023.01-2025.12 |
国自然青年项目 |
融合肿瘤组学数据识别体细胞突变重塑免疫微环境的重要关系模块 |
32200541 |
2023.01-2025.12 |
国自然青年项目 |
基于单细胞RNA-seq数据识别介导癌症hallmark活性的关键lncRNA及其功能研究 |
32000459 |
2021.01-2023.12 |
国自然青年项目 |
基于单细胞RNA-seq数据识别驱动癌症细胞获得转移潜能的关键因子 |
31801116 |
2019.01-2021.12 |
国自然青年项目 |
恶性肿瘤竞争性转录调控三元组（TF-lncRNA/miRNA）识别及其功能研究 |
61801151 |
2019.01-2021.12 |
国自然青年项目 |
整合多维组学数据识别多种癌症的驱动长非编码RNA |
31601076 |
2017.01-2019.12 |
国自然青年项目 |
基于DNA甲基化-lncRNAs调控网络系统识别恶性肿瘤风险lncRNAs及其表观遗传调控机制研究 |
|
2016.01-2018.12 |
国自然青年项目 |
基于通路内部结构与通路间crosstalk识别复杂疾病风险通路的研究 |
31401127 |
2015.01-2018.12 |
国自然青年项目 |
整合多组学数据揭示胚胎干细胞特异的转录调控与染色质状态交联模式 |
31200997 |
2013.01-2015.12 |
获得的省部级以上奖项
奖项等级 |
项目名称 |
项目编号 |
获奖年份 |
教育部高等学校科学优秀成果奖（科学技术）二等奖 |
癌症风险非编码 RNA 识别的关键技术及应用 |
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2019 |
黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）二等奖 |
癌症风险非编码（lncRNA/miRNA）标志物识别及其协同调控功能研究 |
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2019 |
黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）二等奖 |
癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究 |
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2015 |
黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）二等奖 |
癌风险生物标志物识别的生物信息融合系列方法研究 |
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2010 |
黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）二等奖 |
人类复杂疾病靶基因功能模块挖掘与基因网络重建方法研究 |
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2008 |
黑龙江省政府科技技术奖（自然科学）二等奖 |
复杂疾病基因作图的模式识别方法研究 |
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2005 |
中华医学科技奖三等奖 |
恶性肿瘤风险非编码RNA的调控机制研究及大数据平台应用 |
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2020 |
中华医学科技奖三等奖 |
癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究 |
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2015 |
中华医学科技奖三等奖 |
癌症风险标志物与风险通路识别的信息学方法研究 |
|
2011 |
中华医学科技奖三等奖 |
基于遗传谱和表达谱的复杂疾病基因挖掘信息学方法研究 |
|
2006 |
