刘晖，副教授，博士生导师，哈医大生物信息科学与技术学院表观遗传学教研室教师。
办公地址：分子生物211
办公电话：13604809033
E-mail：liuhui@hrbmu.edu.cn
主要研究方向
生物信息学；计算表观遗传学；发育生物学；生物医学人工智能与机器学习
个人简介
刘晖，女，博士，副教授，博士生导师，星联岗位教师。研究方向聚焦生物信息学、计算表观遗传学与发育生物学的交叉领域，致力于运用人工智能与深度学习技术解析遗传与表观遗传元件的协同调控机制。主要研究涉及基于深度学习构建多模态数据整合的表观遗传调控景观，系统解析DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA的协同作用机制，揭示表观遗传元件在胚胎发育和疾病发生中的动态调控规律；结合单细胞多组学数据和空间转录组技术，开发基于深度学习模型，预测表观遗传变异对肿瘤异质性和微环境重塑的影响，及表观遗传重编程在肿瘤进化过程中的驱动作用；以及表观遗传领域的高通量数据挖掘的算法和软件开发，可视化智能分析平台及数据库构建。主持国自然面上项目1项，国自然青年项目1项，同时作为研究骨干成员参与国自然联合基金项目等多项国家自然科学基金项目。研究成果发表于《Molecular Therapy Nucleic Acids》、《Frontiers in Bioengineering and Biotechnology》、《Development》、《Science Reports》、《Nucleic Acids Research》，《Gene》等有重要国际影响的杂志上发表了多篇论文。累计发表SCI论文30余篇；其中以第一作者及通讯作者发表SCI论文10余篇，影响因子大于5的7篇。
教学方面，主讲《计算表观遗传学》、《分子网络分析》、《药物转录组信息学》以及《组合数学与图论》等专业课及专业基础课，共承担8个轨道6门课程的教学任务，并兼职教研室教学秘书职务，获得2020年校青年教师教学风采大赛三等奖，以及2021年年度优秀教师奖励；2022年黑龙江省高等教育教学成果奖二等奖。学生培养方面，指导及协助指导博士研究生3名，硕士研究生11名及本科毕业设计20余名，指导学生获得2019年本科优秀毕业论文，并获得优秀指导教师荣誉称号；并多次指导学生获得美国数学建模竞赛国际二等奖、全国统计建模竞赛国家三等奖、全国数学建模竞赛省一等奖、及东三省数学建模竞赛省一等奖等多个奖项；指导学生参与第七届黑龙江“互联网+”大学生创新创业大赛获得银奖；指导省级创新创业项目1项，校级创新创业项目2项。
教育经历：
2013.09-2017.07，哈尔滨工业大学，生物医学工程专业，博士
2010.09-2013.07，哈尔滨医科大学，生物医学工程专业，硕士
2005.09-2010.07，哈尔滨医科大学，生物技术专业，（生物信息学方向）学士
工作经历：
2020.09-至今，哈尔滨医科大学，生物信息科学与技术学院，副教授
2017.09-2020.09，哈尔滨医科大学，生物信息科学与技术学院，讲师
获奖列表：
个人和指导学生获奖：
（1）国际二等奖（指导教师），2022年，美国数学建模竞赛；
（2）国际二等奖（指导教师），2021年，美国数学建模竞赛
（3）国际三等奖（指导教师），2021年，美国数学建模竞赛；
（4）国家三等奖（指导教师），2019年，全国大学生统计建模竞赛；
（5）国家优秀奖（指导教师），2019年，全国大学生统计建模竞赛；
（6）省一等奖（指导教师），2022年，东北三省数学建模联赛；
（7）省一等奖（指导教师），2020年，全国大学生数学建模竞赛；
（8）省二等奖（指导教师），2019年，全国大学生数学建模竞赛；
（9）省一等奖（指导教师），2020年，东北三省数学建模联赛；
（10）省三等奖（指导教师），2018年，东北三省数学建模联赛；
（11）第四届黑龙江省搞笑教师教学创新大赛产教融合赛道三等奖，排名第3，2024年，黑龙江省教育厅；
（12）省银奖（指导教师），2021年，第七届黑龙江“互联网+”大学生创新创业大赛；
（13）指导教师(第1名)，2023年，大学生创新训练项目省级一般项目 S20231022608；
（14）哈尔滨医科大学青年教师教学风采大赛三等奖，2020年，哈尔滨医科大学；
（15）校级优秀教师年度奖励，2021年；
（16）博士研究生国家奖学金，2016年，教育部；
（17）黑龙江省优秀硕士毕业生，2013年，黑龙江省；
（18）硕士研究生国家奖学金，2012年，教育部。
教学成果奖：
（1）黑龙江省高等教育教学成果奖二等奖：“科教融合、全程多元、知行合一”的生物信息学专业创新教学体系研究与实践，2022年。
参与教学课题：
（1）黑龙江省高等学校教育教学改革项目一般研究项目：“科教融汇、思政贯穿”视域下的肿瘤免疫信息学课程体系平台的构建，2024年，黑龙江省教育厅，主持，在研。
（2）黑龙江省研究生精品课程建设项目《肿瘤免疫信息学》；黑龙江省教育厅，主要参与人。
（3）省研究生精品课程思政案例项目《肿瘤免疫信息学》；黑龙江省教育厅，主要参与人。
（4）黑龙江省高等教育教学改革研究一般研究项目：基于智慧教学+CDIO理念的大学生数学建模培训实践与研究，2019年，黑龙江省教育厅，参与，结题。
（5）思政课题 “立德树人”视域下生物医学工程专业青年研究生导师育人模式探究，2023年，主要参与人
（6）黑龙江省高等教育学会高等教育研究课题：生物信息学学科和专业协同建设与内涵式发展研究，2023年，23GJYBJ076，主要参与人
在研与完成科研项目（负责与参与）：
（1）国家自然科学基金面上项目：融合增强子活性的肿瘤干性评价算法开发及肿瘤异质性剖析，2023年-2026年，主持，在研；
（2）国家自然科学基金青年项目：开发整合基因组和表观基因组特征的增强子RNA精确预测方法及功能分析，2019年-2021年，主持，结题；
（3）国家自然科学基金联合基金项目：融合多组学高通量数据识别早期结肠癌预警及诊断的肿瘤标志物，2021年-2024年，参与，在研；
（4）优势特色学科固强增效计划少帅揭榜项目：传统中药砷剂临床诊疗的生物信息学新方法与新技术研究，2021年-2022年，参与，在研。
（5）国家自然科学基金面上项目：Dlk1-Dio3印记区域内母本甲基化差异甲基化区Meg8 -DMR的功能研究，2018年-2021年，结题；
（6）国家自然科学基金面上项目：碘对甲状腺乳头状癌预后转归的影响极其分子机制研究，参与，结题；
（7）国家自然科学基金面上项目：基于高通量表观基因组图谱的癌症分子分型的系统分析，2014/01-2017/12，60万元，已结题，（参与）
科研奖励情况：
（1）哈尔滨市自然科学技术学术成果奖：基于加权蛋白质互作网络优选癌症相关甲基化变异基因，优秀奖，（2012年），排名第一。
学术兼职：
（1）中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会肿瘤测序及大数据分析专家委员会委员
（2）中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员
（3）黑龙江省细胞生物学会计算生物学与智能医学专业委员会委员
主要发表的论文列表：
1.Hui Liu, Yingying Ma, Jiaxin Yu, Xiang Chen, Shuyuan Wang, Yijie Jia, Na Ding, Xiaoyan Jin,, Yunpeng Zhang JX, and Xia Li. Insight into the regulatory mechanism of dynamic chromatin 3D interactions during cardiomyocyte differentiation in human. Molecular Therapy Nucleic Acids 2023, 1(33): 629-641.(中科院一区，第一作者)
2.Hui Liu‡, Nan Zhang‡, Yijie Jia, JunWang, AokunYe, SiruYang, Honghan Zhou, Yingli Lv, Chaohan Xu * , ShuyuanWang * ncStem: a comprehensive resource of curated and predicted ncRNAs in cancer stemness Database 2024.(JCR一区，第一作者)
3.Liu H, Jiang T, Wang S, Chen X, Jin X, Wang Q, Li X, Yin J, Shao T, Li Y. A Novel Approach to Identify Enhancer lincRNAs by Integrating Genome, Epigenome, and Regulatome. Frontiers in bioengineering and biotechnology 2019: 427. (SCI IF: 6.064,第一作者)
4. Wang S, Wang W, Wang W, Xia P, Yu L, Lu Y, Chen X, Xu C,Liu H. Context-Specific Coordinately Regulatory Network Prioritize Breast Cancer Genetic Risk Factors. Frontiers in genetics 2020, 11: 255. (SCI IF: 4.772,通讯作者)
5. Shi Y,Liu H, Yang C, Xu K, Cai Y, Wang Z, Zhao Z, Shao T, Li Y. Transcriptomic Analyses for Identification and Prioritization of Genes Associated With Alzheimer's Disease in Humans. Frontiers in bioengineering and biotechnology 2020, 8: 31. (SCI IF: 6.064,并列一作)
6. Chen H, Xiao J, Shao T, Wang L, Bai J, Lin X, Ding N, Qu Y, Tian Y, Chen X,Liu H, Liu H, Xu J, Li X. Landscape of Enhancer-Enhancer Cooperative Regulation during Human Cardiac Commitment. Molecular therapy Nucleic acids 2019, 17: 840-851. (SCI IF: 8.886, t并列通讯)
7.Liu H, Lyu J, Liu H, Gao Y, Guo J, He H, Han Z, Zhang Y, Wu Q. Computational identification of putative lincRNAs in mouse embryonic stem cell. Scientific reports 2016, 6: 34892. (SCI IF: 5.228,第一作者)
8.Liu H, Wang T, Liu H, Wei Y, Zhao G, Su J, Wu Q, Qiao H, Zhang Y. Detection of type 2 diabetes related modules and genes based on epigenetic networks. BMC systems biology 2014, 8 Suppl 1: S5. (SCI IF: 3.569,第一作者)
9.Liu H, Su J, Li J, Liu H, Lv J, Li B, Qiao H, Zhang Y. Prioritizing cancer-related genes with aberrant methylation based on a weighted protein-protein interaction network. BMC systems biology 2011, 5: 158. (SCI IF: 3.569,第一作者)
10. Lv J,Liu H, Yu S, Liu H, Cui W, Gao Y, Zheng T, Qin G, Guo J, Zeng T, Han Z, Zhang Y, Wu Q. Identification of 4438 novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development. Molecular genetics and genomics : MGG 2015, 290(2): 685-697. (SCI IF: 3.291,并列一作)
11. Lv J, Huang Z,Liu H, Liu H, Cui W, Li B, He H, Guo J, Liu Q, Zhang Y, Wu Q. Identification and characterization of long intergenic non-coding RNAs related to mouse liver development. Molecular genetics and genomics : MGG 2014, 289(6): 1225-1235. (SCI IF: 3.291,并列一作)
12. Guo J, He H,Liu H, Liu Q, Zhang L, Liu B, Sugimoto K, Wu Q. Aquaporin-1, a New Maternally Expressed Gene, Regulates Placental Development in the Mouse. Biology of reproduction 2016, 95(2): 40. (SCI IF: 4.285)
13. Lv W, Zhang M, Zhu J, Zhang M, Ci C, Shang S, Wei Y,Liu H, Li X, Zhang Y. Exploration of drug-response mechanism by integrating genetics and epigenetics across cancers. Epigenomics 2018, 10(7): 993-1010. (SCI IF: 4.778)
14. Wei Y, Su J, Liu H, Lv J, Wang F, Yan H, Wen Y,Liu H, Wu Q, Zhang Y. MetaImprint: an information repository of mammalian imprinted genes. Development 2014, 141(12): 2516-2523. (SCI IF: 6.682)
15. Su J, Yan H, Wei Y,Liu H,Liu H, Wang F, Lv J, Wu Q, Zhang Y. CpG_MPs: identification of CpG methylation patterns of genomic regions from high-throughput bisulfite sequencing data. Nucleic acids research 2013, 41(1): e4. (SCI IF: 10.162)
16. Lv J, Liu H, Su J, Wu X,Liu H, Li B, Xiao X, Wang F, Wu Q, Zhang Y. DiseaseMeth: a human disease methylation database. Nucleic acids research 2012, 40(Database issue): D1030-1035. (SCI IF: 10.162)
