张云鹏

张云鹏，教研室主任

电话：0451-86615922，电子信箱：zhangyp@hrbmu.edu.cn

张云鹏，博士，博士生导师，临床医学博士后，担任计算生物学教研室主任。兼任黑龙江省生物信息学学会理事、中国生物信息学会（筹）重大疾病组学信息学专业委员会副理事长、中国生物医学工程学会医学人工智能分会理事、《Molecular Biology Reports》、《Biomed Research International》等多个杂志审稿人。主要贡献具体如下：

一、积极参与生物信息学交叉创新人才教学体系的改革，大力推进科教融合

本成果研究与实施期间，带领计算生物学教研室全体教师，积极探索和完成教学体系的改革与实践。承担了《基因组信息》、《蛋白质组信息学》、《专业英语》、《线性代数》等多门本专业课程，教学过程中积极践行学科改革，针对生物信息学的特点，将科学前沿成果融入到课堂教学之中，启发学生的创新能力，收到了良好的效果，获得了学生们的一致好评。此外，积极承担生物信息学院本科生毕业设计及学业导师辅导任务，已指导3届学生的毕业设计、共计10人次，培养6名研究生，1名博士生。

二、投身科研实践，在复杂疾病ncRNA组学大数据创新方法研究领域取得多项成果

张云鹏教授立足于癌症精准医学大数据通路组学研究、聚焦癌症ncRNA功能机制解析，带领其研究团队关注研究领域的前沿动态、不断开拓创新，在人类恶性肿瘤相关的非编码RNA识别、癌症风险通路识别与分析、DNA甲基化驱动的恶性肿瘤风险标志物识别、microRNA和lncRNA协同调控分析、非编码RNA相关生物网络的构建以及生物信息学软件开发等研究方向取得丰硕成果。研究成果以论文形式发表在《Nucleic Acids Research》(SCI IF: 11.561)、《Briefing in Bioinformatics》、《EBioMedicine》、《Gene》等国际期刊上，累计发表SCI论文60余篇，第一作者或通讯作者发表论文43篇，其中17篇论文单篇SCI影响因子>10，累计SCI影响因子450余点,H指数31。部分研究成果获得科技成果奖励，包括教育部优秀成果二等奖、省政府科技成果二等奖2项、中华医学科技奖三等奖、省高校科技成果二等奖2项。开发多个研究软件和数据库，其中3项研究成果成功获批国家软件著作权。先后承担科研项目12项，其中主持科研项目8项（包括国家级项目3项，省级项目4项，市级项目1项），参加国家级科研项目4项（国家863项目和国家973项目各1项，国家自然科学基金项目2项）。

三、深度开展教育教学研究、大力推进教材建设

积极开展教育教学研究项目，并将研究成果带入教学实践中，带领两个小队的学生开展大学生创新创业训练，并圆满完成任务。同时，大力推进教材建设，以副主编《医用高等数学》（“十三五” 全国高等医学院校本科规划教材），受springer出版社邀请参与《Non-coding RNAs in Complex Diseases: A Bioinformatics Perspective》书籍的编写工作（作为editor之一）。

作为项目组成员，按照负责人提出的思路和目标，进一步深化、落实本成果的研究与实施。

教学成果奖：

1. 黑龙江省教学成果一等奖：适应新医科发展理念，医工结合创办生物信息专业（排名第4），2020年。

2. 国家数学建模竞赛二等奖（指导教师）：，2019年。

   指导大学生创新课题

3. 乳腺癌中增强子基因组变异驱动的lncRNA标志物识别与分析（201910226129），指导老师

4. 抗癌药物敏感性标志物识别及其个体化应用（201910226131），指导老师

   科研奖励情况：

5. 教育部高等学校科学研究优秀成果奖：癌症风险非编码RNA 识别的关键技术及应用，二等奖（2019年）, 排名第三。

6. 黑龙江省政府科学技术奖：癌症风险非编码（lncRNA/miRNA）标志物识别及其协同调控功能研究，二等奖（2019年）, 排名第二。

7. 黑龙江省政府科学技术奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，二等奖（2015年），排名第五。

8. 中华医学科技奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别，三等奖（2015年），排名第五。

   在研与完成科研项目

1. 国家自然科学基金项目面上项目：衰老相关疾病演变过程中单细胞基因组与表观组异常诱导的竞争性内源CeRNA网络调控机制研究(62172131), 项目负责人；

2. 国家自然科学基金项目青年项目：异常DNA甲基化驱动的非编码RNA(lncRNA/miRNA)协同调控癌症风险通路识别及其功能研究 (61603116), 项目负责人；

3. 省自然科学基金优秀青年项目：癌症DNA甲基化介导的竞争性内容ceRNA网络解析及功能研究（YQ2021C026），项目负责人；

4. 中国博士后基金：基于高通量组学数据重构与解析胶质瘤早期动态分子网络(2016M591544) , 项目负责人；

5. 黑龙江省博士后基金：基于分子谱解析胶质瘤早期动态分子网络(LBH-Z16142) , 项目负责人；

6. 省高校青年创新人才：基于RNA结合蛋白调控网络扰动分析优化恶性肿瘤中关键调控因子（UNPYSCT-2017060）, 项目负责人；

7. 黑龙江省卫生厅课题：基于高通量组学数据识别胶质瘤诊断与分子分型标记(2016-198) , 项目负责人；

8. 市科技局项目：识别与解析DNA甲基化驱动的非编码RNA调控癌症风险通路(2017RAQXJ164) , 项目负责人；

9. 国家重点基础研究发展计划（973计划）：衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研(2014CB910504)；主要参加者；

10. 国家高技术研究发展计划（863计划）：人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设(2014AA021102)；参加；

11. 国家自然科学基金项目重大研究计划（培育项目）：融合组学挖掘非可控性炎症向癌症转化的分子机制(91029717), 参加；

12. 国家自然科学基金项目青年项目：整合高通量基因、代谢子和通路结构信息的癌症风险代谢通路区域系统识别(31200996), 参加。

教材及专著编写

1. 《医用高等数学》（第二版）（“十三五”全国高等医学院校本科规划教材），北京大学医学出版社，张云鹏（副主编），2018年；

2. 《Non-coding RNAs in Complex Diseases: A Bioinformatics Perspective》，2018年，springer出版社，YunpengZhang (Editors之一)；

3. 《Functional Genomics》（the third edition），“2. RNA Function Prediction”，2017年，springer出版社，Yunpeng Zhang (参编)

   专利及软件著作权

4. 发明专利：一种lncRNA学习系统，排名第一；

5. 发明专利：一种非编码RNA调控疾病风险靶通路的识别方法及系统，排名第二；

6. 软件著作权：癌症风险lncRNA数据平台，排名第二；

7. 软件著作权：生物学关系集合富集分析软件，排名第二；

8. 软件著作权：microRNA介导的疾病风险子通路识别软件，排名第二。

    

   发表论文：（发表论文30余篇，高影响力10余篇）

9. Gao, Y., S. Shang, S. Guo, X. Li, H. Zhou, H. Liu, Y. Sun, J. Wang, P. Wang, H. Zhi, X. Li, S. Ning, andY. Zhang*,Lnc2Cancer 3.0: an updated resource for experimentally supported lncRNA/circRNA cancer associations and web tools based on RNA-seq and scRNA-seq data.Nucleic Acids Res,2021. 49(D1): p. D1251-D1258.(SCI: 11.501)（第一通讯）

10. Wang, P.^#, X. Li^#, Y. Gao^#, Q. Guo^#, Y. Wang, Y. Fang, X. Ma, H. Zhi, D. Zhou, W. Shen, W. Liu, L. Wang,Y. Zhang*, S. Ning*, and X. Li*,LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low- and high-throughput experiments.Nucleic Acids Res,2018.47(D1):D121-D127(SCI: 11.561)（第一通讯）

11. Cheng, L.^#, H. Yang^#, H. Zhao^#, X. Pei, H. Shi, J. Sun,Y. Zhang*, Z. Wang*, and M. Zhou*,MetSigDis: a manually curated resource for the metabolic signatures of diseases.Brief Bioinform, 2019.20(1):203-209(SCI: 9.101)（第一通讯）

12. Wang, L.^#, H. Zhao^#, J. Li^#, Y. Xu^#, Y. Lan, W. Yin, X. Liu, L. Yu, S. Lin, M.Y. Du, X. Li*, Y. Xiao*, andY. Zhang*,Identifying functions and prognostic biomarkers of network motifs marked by diverse chromatin states in human cell lines.Oncogene,2020. 39(3):677-689(SCI: 7.971)（第一通讯）

13. Zhang, Y., P.Wang, X. Li, S. Ning, X. Li, Y. Cao, and S.X. Chen,GABC: A comprehensive resource and Genome Atlas for Breast Cancer.Int J Cancer, 2021. 148(4): p. 988-994.(SCI: 5.145)（第一作者）

14. Wang, L.^#, H. Zhao^#, Y. Xu^#, J. Li^#, C. Deng, Y. Deng, J. Bai, X. Li*, Y. Xiao*, andY. Zhang*,Systematic identification of lincRNA-based prognostic biomarkers by integrating lincRNA expression and copy number variation in lung adenocarcinoma. Int J Cancer,2019. 144(7):1723-1734(SCI: 4.982)（第一通讯）

15. Li, Y.^#,Y. Zhang^#, X.Li*, S. Yi*, and J. Xu*,Gain-of-Function Mutations: An Emerging Advantage for Cancer Biology.Trends Biochem Sci, 2019.44(8): 659-674(SCI: 16.889)（并列第一）

16. Zhang, H.^#, S. Luo^#, X. Zhang^#, J. Liao^#, F. Quan, E. Zhao, C. Zhou, F. Yu, W. Yin,Y. Zhang*, Y. Xiao*, and X. Li*,SEECancer: a resource for somatic events in evolution of cancer genome.Nucleic Acids Res, 2018, 46(D1): p.D1018-D1026.(SCI: 11.147)（共同通讯）

17. Zhang, G.^#, J. Shi^#, S. Zhu^#, Y. Lan, L. Xu, H. Yuan, G. Liao, X. Liu,Y. Zhang*, Y. Xiao*, and X. Li*,DiseaseEnhancer: a resource of human disease-associated enhancer catalog.Nucleic Acids Res, 2017.(SCI: 11.561)（共同通讯）

18. Li, Y.^#, L. Li^#, Z. Wang^#, T. Pan, N. Sahni, X. Jin, G. Wang, J. Li, X. Zheng,Y. Zhang*, J. Xu*, S. Yi*, and X. Li*,LncMAP: Pan-cancer atlas of long noncoding RNA-mediated transcriptional network perturbations.Nucleic Acids Res,2018.46(3): p. 1113-1123.(SCI: 11.147)（共同通讯）

19. Lu, J.^#, J. Xu^#, J. Li^#, T. Pan^#, J. Bai, L. Wang, X. Jin, X. Lin,Y. Zhang*, Y. Li*, N. Sahni*, and X. Li*,FACER: comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators.Nucleic Acids Res, 2018.46(19): p. 10019-10033.(SCI: 11.147)（共同通讯）

20. Yue, M.^#, D. Zhou^#, H. Zhi^#, P. Wang^#, Y. Gao, M. Guo, X. Li, Y. Wang,Y. Zhang*, S. Ning*, and X. Li*,MSDD: a manually curated database of experimentally supported associations among miRNAs, SNPs and human diseases.Nucleic Acids Res, 2018, 46(D1): p. D181-D185.(SCI: 11.147)（共同通讯）

21. Yongsheng Li^#*, Tiantongfei Jiang^#, Weiwei Zhou^#, Junyi Li, Xinhui Li, Qi Wang, Xiaoyan Jin,Jiaqi Yin, Liuxin Chen,Y. Zhang, Juan Xu*, Xia Li*,Pan-cancer characterization of immune- related lncRNAs identifies potential oncogenic biomarkers.Nature Communications.(2020) 11:1000 s41467-020-14802-2(SCI：11.878)

22. Zhao, H^#., J. Shi^#,Y. Zhang^#, A. Xie, L. Yu, C. Zhang, J. Lei, H. Xu, Z. Leng, T. Li, W. Huang, S. Lin, L. Wang*, Y. Xiao*, and X.Li*, LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases.Nucleic Acids Res, 2020.(SCI: 11.147)（共同第一）

23. Li, Y.^#, J. Xiao^#, J. Bai, Y. Tian, Y. Qu, X. Chen, Q. Wang, X. Li,Y. Zhang*, and J. Xu*,Molecular characterization and clinical relevance of m(6)A regulators across 33 cancer types.Mol Cancer, 2019. 18(1): p. 137.(SCI: 10.679)（共同通讯）

24. Li, Y.^#, X. Jin^#, Z. Wang, L. Li, H. Chen, X. Lin, S. Yi*,Y. Zhang*,and J. Xu*,Systematic review of computational methods for identifying miRNA-mediated RNA-RNA crosstalk.Brief Bioinform, 2019.20(1):203-209(SCI: 9.101)（共同通讯）

25. Li, Y.^#, J. Zhang^#, C. Huo^#, N. Ding, J. Li, J. Xiao, X. Lin, B. Cai*,Y. Zhang*,and J. Xu*,Dynamic Organization of lncRNA and Circular RNA Regulators Collectively Controlled Cardiac Differentiation in Humans.EBioMedicine, 2017.24: p. 137-146.(SCI: 6.183) （共同通讯）

26. Han, J.^#*, S. Liu^#, Y. Jiang^#, C. Xu^#, B. Zheng, M. Jiang, H. Yang, F. Su, C. Li* andY. Zhang*,Inference of patient-specific subpathway activities reveals a functional signature associated with the prognosis of patients with breast cancer.J Cell Mol Med, 2018.(SCI: 4.302)（共同通讯）

27. Wang, P.^#, S. Ning^#,Y. Zhang, R. Li, J. Ye, Z. Zhao, H. Zhi, T.. Guo*, and X. Li*,Identification of lncRNA-associated competing triplets reveals global patterns and prognostic markers for cancer.Nucleic Acids Res, 2015.43(7): p. 3478-89(SCI: 9.202)

28. Wang, P.^#, X. Li^#, Y. Gao^#, Q. Guo^#, S. Ning^#,Y. Zhang, S. Shang, J. Wang, Y. Wang, H. Zhi, Y. Fang, W. Shen, G. Zhang*, S.X. Chen*, and X. Li*,LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation.Nucleic Acids Res,2020.48(D1): p. D111-D117(SCI: 11.147)

29. Xu, Y.^#, H. Yang^#, T. Wu^#, Q. Dong, Z. Sun, D. Shang, F. Li, Y. Xu, F. Su, S. Liu,Y. Zhang*,and X. Li*,BioM2MetDisease: a manually curated database for associations between microRNAs, metabolites, small molecules and metabolic diseases.Database (Oxford), 2017.(SCI: 3.978) （共同通讯）

30. Han, J.^#, C. Li^#, H. Yang^#, Y. Xu, C. Zhang, J. Ma, X. Shi, W. Liu, D. Shang, Q. Yao,Y. Zhang, F. Su, L. Feng, and X. Li*,A novel dysregulated pathway-identification analysis based on global influence of within-pathway effects and crosstalk between pathways.J R Soc Interface, 2015.12(102): p. 20140937.(SCI:3.856)

31. Li S^#, Sun Z, Feng L, Shang D, Zhang C, Shi X, Han J, Su F, Yang H, Zhao J, Song C,Zhang Y,C. Li*, and X. Li*:Identification of a lncRNA involved functional module for esophageal cancer subtypes.Mol Biosyst, 2016, 12(11):3312-3323.(SCI:2.829)