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黑龙江省寒地重大疾病组学高通量大数据重点实验室成果展示

时间：2023-02-18 点击数：

承担课题

近三年中标国家级科研项目22项，省级项目12项，仅列国家级项目如下：

科技部重点研发计划重点专项：灵长类增龄相关健康减损的生物学基础（2018YFC2000100）,李霞，247.5万，2018/12-2022/12；
国家自然科学基金面上项目，解析增强子变异与长链非编码RNA介导的癌症竞争性内源ceRNA网络及其功能研究（32070673），李霞，58万，2021/1/1-2024/12/31；
国家自然科学基金面上项目，癌症免疫关键lncRNA-甲基化修饰调控模块优化及功能研究（32170676），徐娟，58万，2022/1/1-2025/12/31；
国家自然科学基金面上项目，基于功能性解析系统发生树识别驱动癌症演化的关键基因及其功能研究（32170675），平艳艳，58万，2022/1/1-2025/12/31；
国家自然科学基金面上项目，增强子参与遗传及表观遗传调控模式研究（32170674），智慧，58万，2022/1/1-2025/12/31；
国家自然科学基金面上项目，衰老相关疾病演变过程中单细胞基因组与表观组异常诱导的竞争性内源CeRNA网络调控机制研究（62172131），张云鹏，60万，2022/1/1-2025/12/31；
国家自然科学基金面上项目，基于网络扩散模型的癌症免疫分子亚型分析及预测模型构建（62173117），杨磊，56万，2022/1/1-2025/12/31；
国家自然科学基金面上项目，基于单细胞测序数据解析介导癌症转移的关键免疫-肿瘤细胞间互作及其功能机制（82173321），庞博，54.7万，2022/1/1-2025/12/31；
国家自然科学基金面上项目，恶性肿瘤个体化拷贝数变异驱动lncRNA-ceRNA网络失调机制及功能研究（32070622），王鹏，58万，2021/1/1-2024/12/31；
国家自然科学基金面上项目，遗传变异驱动的肿瘤耐药相关非编码RNA深度挖掘算法及在肺癌中的功能研究（32070672），宁尚伟，58万，2021/1/1-2024/12/31；
国家自然科学基金面上项目，基于生物学通路网络的癌症标志物识别方法研究（62072145），韩俊伟，57万，2021/1/1-2024/12/31；
国家自然科学基金面上项目，肿瘤免疫微环境中非编码RNA协同调控网络构建及调控机制研究（62073106），邵婷婷，58万，2021/1/1-2024/12/31；
国家自然科学基金面上项目，恶性肿瘤关键遗传变异介导的RNA结合蛋白调控网络扰动模型构建与分析（31970646），李永生，58万，2020/1/1-2023/12/31；
国家自然科学基金面上项目，整合遗传与表观遗传信息研发类风湿性关节炎风险评估模型（31970651），姜永帅，58万，2020/1/1-2023/12/31；
国家自然科学基金青年项目，整合多组学数据构建lncRNA-RNA结合蛋白(RBP)协同调控网络解析肿瘤异质性（62102123），白静，30万，2022/1/1-2024/12/31；
国家自然科学基金青年项目，基于scRNA-seq数据识别肿瘤浸润免疫细胞中lncRNA调控活性通路区域及肿瘤免疫微环境解析（62101164），李峰，30万，2022/1/1-2024/12/31；
国家自然科学基金青年项目，基于单细胞RNA-seq数据识别介导癌症hallmark活性的关键lncRNA及其功能研究（32000459），徐锦远，24万，2021/1/1-2023/12/31；
国家自然科学基金青年项目，基于体细胞突变谱的膀胱癌免疫风险评分模型的构建与研究（32000473），王世缘，24万，2021/1/1-2023/12/31；
国家自然科学基金青年项目，癌症转移单细胞转录谱分析揭示介导转移潜能的关键lncRNA（31900478），胡晶，25万，2020/1/1-2022/12/31；
国家自然科学基金青年项目，泛癌染色质调控子协同互作网络构建及其表观遗传调控机制研究（31900493），鲁健平，25万，2020/1/1-2022/12/31；
国家自然科学基金青年项目，基于ncRNA介导风险通路间crosstalk 的癌症联合用药优化及其机制研究（31900493），徐英岐，28万，2020/1/1-2022/12/31；
国家自然科学基金青年项目，基于异质网络的耐药性ncRNA标志物识别及个体化应用研究（61902095），杨海秀，27万，2020/1/1-2022/12/31；
论文专著

近三年发表SCI论文100余篇，其中影响因子大于10的论文22篇，仅列SCI IF>10的论文22篇：

Li, Y., T. Jiang, W. Zhou, J. Li, X. Li, Q. Wang, X. Jin, J. Yin, L. Chen, Y. Zhang, J. Xu, and X. Li,Pan-cancer characterization of immune-related lncRNAs identifies potential oncogenic biomarkers.Nat Commun, 2020.11(1): p. 1000.[IF 14.919]
Xu K, Y. Cai, M. Zhang, H. Zou, Z. Chang, D. Li, J. Bai, J. Xu, Y. Li.Pan-cancer characterization of expression and clinical relevance of m6A-related tissue-elevated long non-coding RNAs. Molecular Cancer, 2021. [IF:27.401]
Zhao, H., J. Shi, Y. Zhang, A. Xie, L. Yu, C. Zhang, J. Lei, H. Xu, Z. Leng, T. Li, W. Huang, S. Lin, L. Wang, Y. Xiao, and X. Li,LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases.Nucleic Acids Res, 2020.48(D1): p. D118-D126.[IF 16.971]
Wang, Z., J. Yin, W. Zhou, J. Bai, Y. Xie, K. Xu, X. Zheng, J. Xiao, L. Zhou, X. Qi, Y. Li, X. Li, and J. Xu,Complex impact of DNA methylation on transcriptional dysregulation across 22 human cancer types.Nucleic Acids Res, 2020.48(5): p. 2287-2302.[IF 16.971]
Wang, P., X. Li, Y. Gao, Q. Guo, S. Ning, Y. Zhang, S. Shang, J. Wang, Y. Wang, H. Zhi, Y. Fang, W. Shen, G. Zhang, S.X. Chen, and X. Li,LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation.Nucleic Acids Res, 2020.48(D1): p. D111-D117.[IF 16.971]
Wang, P., Q. Guo, Y. Hao, Q. Liu, Y. Gao, H. Zhi, X. Li, S. Shang, S. Guo, Y. Zhang, S. Ning, and X. Li,LnCeCell: a comprehensive database of predicted lncRNA-associated ceRNA networks at single-cell resolution.Nucleic Acids Res, 2020.[IF 16.971]
Gao, Y., S. Shang, S. Guo, X. Li, H. Zhou, H. Liu, Y. Sun, J. Wang, P. Wang, H. Zhi, X. Li, S. Ning, and Y. Zhang,Lnc2Cancer 3.0: an updated resource for experimentally supported lncRNA/circRNA cancer associations and web tools based on RNA-seq and scRNA-seq data.Nucleic Acids Res, 2020.[IF 16.971]
Gao, Y., X. Li, S. Shang, S. Guo, P. Wang, D. Sun, J. Gan, J. Sun, Y. Zhang, J. Wang, X. Wang, X. Li, Y. Zhang, and S. Ning,LincSNP 3.0: an updated database for linking functional variants to human long non-coding RNAs, circular RNAs and their regulatory elements.Nucleic Acids Res, 2020. [IF 16.971]
Lv, D., K. Xu, X. Jin, J. Li, Y. Shi, M. Zhang, X. Jin, Y. Li, J. Xu, and X. Li,LncSpA: LncRNA Spatial Atlas of Expression across Normal and Cancer Tissues.Cancer Res, 2020.80(10): p. 2067-2071.[IF 12.701]
Zhang, M., X. Jin, J. Li, Y. Tian, Q. Wang, X. Li, J. Xu, Y. Li, and X. Li,CeRNASeek: an R package for identification and analysis of ceRNA regulation.Brief Bioinform, 2020.[IF11.622]
Zhang, C., N. Zhao, X. Zhang, J. Xiao, J. Li, D. Lv, W. Zhou, Y. Li, J. Xu, and X. Li,SurvivalMeth: a web server to investigate the effect of DNA methylation-related functional elements on prognosis.Brief Bioinform, 2020. [IF11.622]
Xu, Y., T. Wu, F. Li, Q. Dong, J. Wang, D. Shang, Y. Xu, C. Zhang, Y. Dou, C. Hu, H. Yang, X. Zheng, Y. Zhang, L. Wang, and X. Li,Identification and comprehensive characterization of lncRNAs with copy number variations and their driving transcriptional perturbed subpathways reveal functional significance for cancer.Brief Bioinform, 2020.21(6): p. 2153-2166.[IF11.622]
Li, F., T. Wu, Y. Xu, Q. Dong, J. Xiao, Y. Xu, Q. Li, C. Zhang, J. Gao, L. Liu, X. Hu, J. Huang, X. Li, and Y. Zhang,A comprehensive overview of oncogenic pathways in human cancer.Brief Bioinform, 2020.21(3): p. 957-969.[IF11.622]
Dong, Q., F. Li, Y. Xu, J. Xiao, Y. Xu, D. Shang, C. Zhang, H. Yang, Z. Tian, K. Mi, X. Li, and Y. Zhang,RNAactDrug: a comprehensive database of RNAs associated with drug sensitivity from multi-omics data.Brief Bioinform, 2020.21(6): p. 2167-2174.[IF11.622]
Li, Y., Y. Zhang, X. Li, S. Yi, and J. Xu,Gain-of-Function Mutations: An Emerging Advantage for Cancer Biology.Trends Biochem Sci, 2019.44(8): p. 659-674.[IF 16.889]
Li, Y., D.J. McGrail, J. Xu, J. Li, N.N. Liu, M. Sun, R. Lin, R. Pancsa, J. Zhang, J.S. Lee, H. Wang, G.B. Mills, X. Li, S. Yi, and N. Sahni,MERIT: Systematic Analysis and Characterization of Mutational Effect on RNA Interactome Topology.Hepatology, 2019.70(2): p. 532-546.[IF 14.971]
Gao, Y., P. Wang, Y. Wang, X. Ma, H. Zhi, D. Zhou, X. Li, Y. Fang, W. Shen, Y. Xu, S. Shang, L. Wang, L. Wang, S. Ning, and X. Li,Lnc2Cancer v2.0: updated database of experimentally supported long non-coding RNAs in human cancers.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D1028-D1033.[IF 11.147]
Wang, P., X. Li, Y. Gao, Q. Guo, Y. Wang, Y. Fang, X. Ma, H. Zhi, D. Zhou, W. Shen, W. Liu, L. Wang, Y. Zhang, S. Ning, and X. Li,LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low- and high-throughput experiments.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D121-D127.[IF 11.147]
Yuan, H., M. Yan, G. Zhang, W. Liu, C. Deng, G. Liao, L. Xu, T. Luo, H. Yan, Z. Long, A. Shi, T. Zhao, Y. Xiao, and X. Li,CancerSEA: a cancer single-cell state atlas.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D900-D908. [IF 11.147]
Zhang, X., Y. Lan, J. Xu, F. Quan, E. Zhao, C. Deng, T. Luo, L. Xu, G. Liao, M. Yan, Y. Ping, F. Li, A. Shi, J. Bai, T. Zhao, X. Li, and Y. Xiao,CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse.Nucleic Acids Res, 2019.47(D1): p. D721-D728.[IF 11.147]
Li, Y., J. Xiao, J. Bai, Y. Tian, Y. Qu, X. Chen, Q. Wang, X. Li, Y. Zhang, and J. Xu,Molecular characterization and clinical relevance of m(6)A regulators across 33 cancer types.Mol Cancer, 2019.18(1): p. 137.[IF 10.679]
Zhang, H., J. Liao, X. Zhang, E. Zhao, X. Liang, S. Luo, J. Shi, F. Yu, J. Xu, W. Shen, Y. Li, Y. Xiao, and X. Li,Sex difference of mutation clonality in diffuse glioma evolution.Neuro Oncol, 2019.21(2): p. 201-213. .[IF 10.091]
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