赵红颖

    赵红颖，博士、副教授、硕士研究生导师

哈医大星联人才

办公地点：生物信息学院221室

邮箱：zhaohongying@hrbmu.edu.cn

主要研究方向：

癌症组学大数据的生物信息学研究、人工智能和深度学习、癌症治疗决策及预后评估、生物信息学平台建设

个人简介：

赵红颖，博士研究生、副教授、硕士研究生导师，临床医学博士后。《Briefing in bioinformatics》、《Non-coding RNA Research》、《Frontiers in Immunology》、《Heliyon》、《BMC cancer》等国际著名期刊论文评审专家。2011年以第一名成绩保送哈医大硕士研究生，2016年取得博士学位（硕博连读）并获得博士研究生国家奖学金。多年来一直从事人类复杂疾病尤其是恶性肿瘤多组学大数据的整合分析方法、单细胞及空间转录组数据解析癌症异质性、肿瘤免疫微环境及免疫治疗、生物信息学平台的建设等。近期研究成果连续发表在《Nucleic Acids Research》、《Molecular therapy Nucleic acids》、《Oncogene》和《Scientific data》等杂志上，以第一和通讯作者发表SCI科研论文20余篇，单篇最高影响因子19.16。主持国家自然科学基金青年项目、中国博士后特别资助项目、黑龙江省青年英才计划等11项科研课题，作为学术骨干参加国家重点基础研究发展计划（973计划）1项和国家高技术研究发展计划（863计划）1项。作为编委参与编写作为编委编写‘十三五’全国高等医学院校本科规划教材《医用高等数学》第二版和《Non-coding RNAs in Complex Diseases》。荣获黑龙江省高校科学技术一等奖1项、2017年度优秀教师称号、2019年度青年教师讲课大赛院级二等奖，指导学生参加全国大学生数学建模竞赛获省一等奖，全美大学生数学建模竞赛获M奖（一等奖）。

主持科研项目

（1）国家自然科学基金委员会，青年项目，31801115，融合基因组变异和表观改变重建泛癌关键增强子图谱及其功能分析，2019-01至2021-12，27万元，已结题，主持。

（2）黑龙江省科学技术厅，联合引导项目，LH2023F012，遗传改变诱导的癌症风险elncRNAs的识别及信息学平台建设，2023-07至2026-07，10万，在研，主持。

（3）中国博士后科学基金会，特别资助项目，2020T130161，基于多组学数据识别染色质状态修饰的癌症特异预后标志物及信息学平台建设，2020-06至2022-06，18万元，已结题，主持。

（4）中国博士后科学基金会，面上项目，2018M631943，构建表观遗传诱导的非编码RNA泛癌图谱及癌症机制研究，2018-05至2020-05，5万元，已结题，主持。

（5）黑龙江省博士后管理办公室，青年英才计划，LBH-TZ1018，基于重建的TF-Enhancer-Gene调控网络识别癌症增强子标志物，2020-01至2021-12，20万元，已结题，主持。

（6）黑龙江省博士后管理办公室，面上项目，LBH-Z17110，基于表观遗传介导的非编码RNA网络筛选癌症表观治疗靶点及其应用平台开发，2018-01至2019-12，10万元，已结题，主持。

（7）黑龙江省人力资源和社会保障厅，黑龙江省博士后启动项目，2022-10至2025-10，10万元，在研，主持。

（8）黑龙江省教育厅，高等学校基础研究，2017JCZX54，基于遗传改变诱导的非编码RNA调控网络识别癌症风险标志物，2017-05至2019-04，4.8万元，已结题，主持。

（9）黑龙江省财政厅，黑龙江省科研业务优青项目，CZKYF2022-1-C006，基于铁代谢相关通路crosstalk模式识别心衰-骨质疏松症关联的lncRNA，2022-08至2024-07，3.5万元，子课题负责人。

（10）黑龙江省教育厅，创新科研基金，YJSCX2012-207HLJ，基于表观基因组学分析胚胎干细胞表观修饰的协同调控，2012-01至2014-12，0.6万元，已结题，主持。

（11）黑龙江省卫生健康委，科研课题，2018477，基于癌症lncRNA-mRNA调控网络识别遗传改变诱导的癌症风险lncRNAs，2019-01至2020-12，已结题，主持。

（12）国家重点基础研究发展计划（973计划），2014CB910500，衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研究，2014-01至2018-09，356万元，已结题，参加。

（13）国家高技术研究发展计划（863计划），2014AA021102，人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设，2014-01至2016-12，830万元，已结题，参加。

（14）国家自然科学基金委员会，面上项目，31573122，解析人类癌症风险非编码RNA（miRNA/lncRNA）协同调控网络其功能分析，2016-01至2019-12，66万元，已结题，参加。

（15）国家自然科学基金委员会，青年项目，31200997，整合多组学数据揭示胚胎干细胞特异的转录调控与染色质状态交联模式，2013-01至2015-12，20万元，已结题，参加。

发表SCI论文（近三年）

1. Hongying Zhao^#, Xiangzhe Yin^#, Haotian Xu^#, Kailai Liu^#, Wangyang Liu, Lixia Wang, Caiyu Zhang, Lin Bo, Xicheng Lan, Shihua Lin, Ke Feng, Shangwei Ning*, Yunpeng Zhang*, Li Wang*. LncTarD 2.0: an updated comprehensive database for experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases.Nucleic acids research, 2023, 51(D1):D199-D207.(SCI影响因子: 14.9，中科院2区，JCR Q1区，第一作者)

2. Li Wang^#，Wangyang Liu^#，Kailai Liu，Lixia Wang, Xiangzhe Yin, Lin Bo, Haotian Xu, Shihua Lin, Ke Feng, Xinyu Zhou, Lin Lin, Meiting Fei, Caiyu Zhang, Shangwei Ning*,Hongying Zhao*. The dynamic dysregulated network identifies stage-specific markers during lung adenocarcinoma malignant progression and metastasis.Molecular Therapy-Nucleic Acids, 2022, 30: 633-647.(SCI影响因子: 10.183，中科院1区，JCR Q1区，第一通讯)

3. Hongying Zhao^#, Jian Shi^#, Yunpeng Zhang^#, Aimin Xie, Lei Yu, Caiyu Zhang, Junjie Lei, Haotian Xu, Zhijun Leng, Tengyue Li, Waidong Huang, Shihua Lin, Li Wang^*, Yun Xiao^*, Xia Li^*. LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA–target regulations in human diseases.Nucleic Acids Research. 2020, 48(D1): D118-D126.(SCI影响因子:16.971，中科院1区，JCR Q1区，第一作者)

4. Hongying Zhao^#, Xiaoqin Liu#, Lei Yu, Shihua Lin , Caiyu Zhang, Haotian Xu , Zhijun Leng, Waidong Huang, Junjie Lei, Tengyue Li, Jing Li*, Fan Yang*, Li Wang*. Comprehensive landscape of epigenetic-dysregulated lncRNAs reveals a profound role of enhancers in carcinogenesis in BC subtypes.Molecular Therapy-Nucleic Acids, 2021, 23: 667-681.(SCI影响因子:10.183，中科院1区，JCR Q1区，第一作者，ESI高被引论文，热点论文)

5. Hongying Zhao^#, Xiangzhe Yin^#, Lixia Wang, Kailai Liu, Wangyang Liu, Lin Bo, Li Wang^*. Identifying tumour microenvironment-related signature that correlates with prognosis and immunotherapy response in breast cancer.Scientific Data,2023, 10(1):119.(SCI影响因子: 9.8，中科院2区，JCR Q1区，第一作者)

6. Jian Shi^#, Li Wang^#,*, Xiangzhe Yin^#, Lixia Wang, Lin Bo, Kailai Liu, Ke Feng，Shihua Lin，Yanjun Xu^*, Shangwei Ning^*,Hongying Zhao^*. Comprehensive characterization of clonality of driver genes revealing their clinical relevance in colorectal cancer.Journal of Translational Medicine,2022; 12;20(1):362.(SCI影响因子:8.44，中科院2区，JCR Q1区,通讯作者)

7. Li Wang^#,Hongying Zhao^#, Jing Li^#, Yingqi Xu^#, Wenkang Yin, Yujia Lan, Wenkang Yin, Xiaoqin Liu, Lei Yu, Shihua Lin, Michael Yifei Du, Xia Li^*, Yun Xiao^*, Yunpeng Zhang^*.Identifying functions and prognostic biomarkers of network motifs marked by diverse chromatin states in human cell lines.Oncogene, 2020, 39(3): 677-689.(SCI影响因子:9.867，中科院1区，JCR Q1区，并列一作)

8. Hongying Zhao^#, Caiyu Zhang^#, Lin Bo, Lixia Wang, Wangyang Liu, Yaopeng Shu, Kailai Liu, Ying Liu, Meiting Fei, Li Wang^*,Comprehensive identification and potential application of genetic alteration-driven enhancer RNAs for eRNA-targeted therapy in breast cancer.Genes & Diseases, 2023: 101124.(SCI影响因子: 6.8，中科院1区，JCR Q1区，第一作者)

9. Hongying Zhao^#, Ying Liu^#, Meiting Fei, Lin Bo, Lixia Wang, Yaopeng Shu, Peiqi Ben, Li Wang^*.Genome-wide DNA methylome analysis reveals a critical role of methylation-dysregulated lncRNAs in autophagy regulation in glioblastoma.Genes & Diseases, 2023: 101107.(SCI影响因子: 6.8，中科院2区，JCR Q1区，第一作者)

10. Hongying Zhao^#,Ke Feng^#, Junjie Lei^#, Yaopeng Shu , Lin Bo , Ying Liu , Lixia Wang , Wangyang Liu , Shangwei Ning^*, Li Wang^*. Identification of somatic mutation-driven enhancers and their clinical utility in breast cancer[J].iScience, 2024, 27(2).(SCI影响因子: 5.8，中科院2区，JCR Q1区，第一作者)

11. HongyingZhao^#, Siwen Zhang^#,Xiangzhe Yin^#, Caiyu Zhang^#, Lixia Wang, Kailai Liu, Haotian Xu, Wangyang Liu, Lin Bo, Shihua Lin, Ke Feng, Lin Lin¹, Meiting Fei, Shangwei Ning^*, Li Wang^*. Identifying enhancer-driven subtype-specific prognostic markers in breast cancer based on multi-omics data.Frontiers in Immunology, 2022,13:990143.(SCI影响因子:8.786,中科院2区，JCR Q1区,第一作者)

12. Hongying Zhao^#, Lei Yu^#, Lixia Wang^#, Xiangzhe Yin, Kailai Liu, Wangyang Liu, Shihua Lin, Li Wang^*.Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals immune-related lncRNA-mRNA prognostic signature in triple-negative breast cancer.Genes & Diseases, 2024, 11(2): 571-574.(SCI影响因子: 6.8，中科院2区，JCR Q1区，第一作者)

13. Xuan Zheng^#, Feng Li^#,Hongying Zhao^#, Yongjuan Tang^#, Ke Xue, Xiaomeng Zhang, Weixin Liang, Rui Zhao, Xingyu Lv, Xinyu Song, Chunlong Zhang^*, Yanjun Xu^*, Yunpeng Zhang^*. A novel method to identify and characterize personalized functional driver lncRNAs in cancer samples.Computational and Structural Biotechnology Journal,2023, 21: 2471-2482.(SCI影响因子: 6.0，中科院2区，JCR Q1区，并列第一作者)

14. Li Wang^#, LeiYu^#, Jian Shi^#, Feng Li^#, Caiyu Zhang, Haotian Xu, XiangzheYin, LixiaWang, Shihua Lin, Anastasiia Litvinova, Yanyan Ping^*, Shangwei Ning^*,Hongying Zhao^*. Functional regulations between genetic alteration-driven genes and drug target genes acting as prognostic biomarkers in breast cancer.Scientific reports, 2022;23;12(1):10641.(SCI影响因子:4.996，中科院3区，JCR Q2区，通讯作者)

科研成果奖励

（1）基于生物数据融合的恶性肿瘤中miRNA-ceRNA复合协同调控模式的研究，黑龙江省高校科技奖，一等奖，2019。

指导学生获奖

（1）全国大学生数学建模竞赛一等奖，梁文娟，李山，罗海燕，2023，指导教师：赵红颖；

（2）全美大学生数学建模竞赛M奖（一等奖），Songyu Yang，Hao Gao，Kaifeng Li，指导教师：赵红颖；

（3）全国大学生数学建模竞赛三等奖，金璐、刘文清、高和旭，2017，指导教师：赵红颖；

编写教材

（1）“十三五”全国高等医学院校本科规划教材《医用高等数学》，北京大学出版社，2018年10月，编委；

（2）《Non-coding RNAs in Complex Diseases》，Springer出版社，2018年,编委；

主持及参与教学项目

（1）创新型药物组学信息学人才培养模式研究与实践，省教育科学十三五规划重点课题，2019-01至2020-12，参加。